安徽省怀洪新河河道管理局成立于1998年，为省水利厅直属单位，正处级建制，全额事业单位，暂定编制100人。2017年省编办批复安徽省怀洪新河河道管理局加挂淮水北调工程管理中心牌子，增加编制20人，其中增加副处级领导职数2名，淮水北调工程管理中心与省怀洪新河河道管理局合署办公。省局机关设有监察室、办公室、人事科、财务科、工程管理科（含防汛抗旱办公室）、水政科（含水政监察支队）、调水科等7个科室，下辖事业发展中心、怀洪新河怀远县河道管理局、怀洪新河固镇县河道管理局、怀洪新河五河县河道管理局、何巷闸管理处、胡洼闸管理处、西坝口闸管理处、四铺泵站管理处等8个直属管理单位。
